公元13世纪，南宋理宗元庆三年（1227年），成吉思汉进军洮、河、西宁州，青海东部地区纳入蒙古汗国版图。忽必烈即位初，在河州设吐蕃等处宣慰使司都元帅府，管辖青、甘一带吐蕃部落。至元十八年（1281年）设甘肃行中书省，辖西宁诸州。
明洪武六年（1371年）改西宁州为卫，下辖6千户年。以后又设“塞外四卫”：安定、阿端、曲先、罕东（地当今海北州刚察西部至柴达木西部，南至格尔木，北达甘肃省祁连山北麓地区）。孝宗弘治元年（1488年），设西宁兵备道，直接管理蒙、藏各部和西宁近地，“塞外四卫”由西宁卫兼辖。明初青海东部实行土汉官参设制度。在青南、川西设有朵甘行都指挥使司，又在今青海黄南州、海南州一带设必里卫、答思麻万户府等。
16世纪初，厄鲁特蒙古4部之一的和硕特部移牧青海，一度成为统治青海的民族。清雍正初年，罗卜藏丹津反清斗争失败后，清朝在青海设置青海办事大臣，统辖蒙古29旗和青南玉树地区、果洛地区及环湖地区的藏族部落。青海东北部西宁卫改为西宁府，仍沿袭明朝的土司制度，属甘肃省管辖。
1912年北洋军阀政府任命马麒为西宁总兵，1915年又任命其为蒙番宣慰使和甘边宁海镇守使。从此，马家军阀统治青海近40年。1928年9月5日，南京国民政府决定新建青海省，治设西宁。1929年1月，青海省正式建制。1949年9月5日，西宁解放。1949年9月26日，青海省人民军政委员会宣告成立。1950年1月1日青海省人民政府正式组成，以西宁为省会。
