塔尔寺与藏医药事业的缘起还行从宗喀巴大师说起。宗喀巴·洛桑扎巴三岁在噶玛·若必多杰处受居士戒，授名“贡噶宁吾”；六岁由曲杰·顿珠仁钦引导入密乘之门，密称为“顿月多杰”；七岁，曲杰授其近事戒，名洛桑扎巴并入化隆夏琼寺琼寺初学佛法。十六岁入藏深造，先亲临直贡，在坚阿·确吉杰布处闻习佛法。后前往蔡贡塘，拜药师佛第二蔡巴·官却杰为师，研习医学。《宗喀长颂》一文记载？因得好友支持故，吉雪贡塘学医明，时短且做稍努力，获得医位宗喀巴。“这段话记录了宗喀巴大师学医获得济世医师果位的事实。当初，宗喀巴大师入世藏一心想学通经典大论，后经几位好友奉劝，前往蔡巴·官却杰尊者足前，以医学八支内容为主，勤习印、汉、藏诸大德医师所创造的理论及实践，不久精通藏医药学。此后，大师患病时，虽有十七八位医师在场，但如何视病情对诊下药，如何按寒温冷热配药等，皆要向大师请教并依其指点施药。当时诸名医议论说?尊者医术高明，在雪域藏区无与伦比。我等去大师足前配药，能悉闻很多医学知识，所受启发经读学多年更胜一筹。”之后，宗喀巴大师学从各派名师，精通显密各宗，以自己的锐智讲经说法，严格戒律，著《菩提道次第广论》，《密宗道次第广论》等19部论典，开创了独一无二的至高法门--格鲁派。后又建立甘丹寺，创祈愿大法会，将已创宗派发扬光大。
以宗喀巴大师对医药学的灵气和精通为缘起，七世达赖经师二世却藏·洛桑丹贝坚赞（1652-1723）任塔尔寺第十八代赤巴（总法台）时，想道：“在此福田名刹，第二佛陀所创显密理论与实践的讲修虽很兴盛，但在医学方面，尊者上师生前拜蔡巴·官却杰，学成医学八支、四部医典之事迹，后世能否继承弘扬，也很重要”由此，于藏历第十二绕迥之金兔1711年实际始创医明学院--曼巴扎仓，但当时得名俄巴扎仓（密宗学院）。该师亲自起管理上严格执行拉萨药王山藏医学院的规章，一心致力于医学伟业。当时，他任命夏仲且巴·阿旺洛桑为扎仓赤巴，受青海诸多地方首领资助，建成密宗院二层藏式经堂。1723年，青海发和罗卜藏丹津事件，二世却藏不幸圆寂，该扎仓也被拆毁。1924年，塔尔寺21任法台色协·次成仁在位时，西宁多尔格钦差降旨：“原密宗学院实为医明学院，若改名，可复建”色协便先将改为医学院，次年任命著名医师安奇年扎担任扎仓导师，依据原有戒规制度恢复活动，招收数十位僧侣，新建曼巴扎仓，起名“索热达杰贤盼林”——医学弘扬医学理论，后由果毛·措格达秀陈列嘉措等任医学院导师。塔尔寺28任赤巴第三世却藏·阿旺图丹旺秀（1725--1796），自身医学造诣很深，文集中也包括一些医学著作。该师任命卓仓班智达·洛桑丹贝坚赞为第一任药师堪布兼重建负责人，重振塔尔寺曼巴扎仓的讲学大业。由此，历辈却藏活佛在塔尔寺曼巴扎仓享有很高的地位。四世却藏·洛桑图丹谢智却吉尼玛（1859--1913）拜熟通藏传五明，也通中医的马营班智达·索巴坚赞为师，研习医学，学通医药配施实践，对扎仓原存医学挂图--曼唐及解剖图示等进行补充、完善，共四帙著作中有多篇涉及识别药物、药典分类、人体构架图等内容，其医承弟子扎得洛赛、巴周喇嘛等名扬蒙藏各地，也不乏格西丹确嘉措等医学著作颇丰的弟子。六世却藏·洛桑丹贝旺秀（1914--2000）在接受佛学教育的同时，也学通藏医理论。党的十一届三中全会后，却藏活佛在曼巴扎仓修建昂欠，主持医明院各项活动。活佛圆寂后，曼巴扎仓的教友们还参加全部送葬过程和仪式。实际上，却藏活佛第一世南觉班丹（1578--1651）本是一位出色的医学家，作为西藏垅人及哲蚌寺高僧，也曾在塔尔寺活动，奠定了其历代转世活佛在塔尔寺宏扬藏医药事业的基础。
