自古到今塔尔寺的活佛、喇嘛及普通僧人圆寂、亡故后多采用火葬。一般喇嘛和僧人的火葬仪式在贡巴隆洼内或都绰隆洼内（天葬场）进行。仪式较简，即将尸体用柏香水洗净薰过后放进火葬炉，此炉上下从中隔为两层，上层放尸，浇上酥油或青油，下层用柴火焚烧，直到将尸体化为灰烬。从上层留下的小洞中掏出骨灰，撒到莲花山中。活佛的火葬仪式比较隆重，由全寺活佛、僧人会集在大经堂集体诵经祈祷。祈祷念诵专门撰写的祈祷文，类似汉族的祭文。祈祷圆寂活佛的灵魂平安无碍地到达无量光佛（阿弥陀佛）主宰的极乐世界或游中阴后尽快转生人间，再显灵童，继续弘传佛法，做有益于佛教和民众的善事。塔尔寺活佛遗体的焚化不在贡巴隆洼等天葬场，而在活佛自己的嘎尔哇（府邸）内进行。焚化时也造一个火葬炉，由活佛生前的管家、近侍僧及娘家人操办，一般外人不参加。焚化后，小心翼翼地将骨灰取出，看骨灰中有无异物出现，如佛舍利、骨显文字等物，然后连同活佛生前最珍贵的衣物、僧冠一起装进做那的灵塔中。再请活佛、僧人做道场，讽诵祈愿经。如果生前出任过本寺大法台，任期内或维修殿堂、或新建佛堂、或对寺院做出过其它大的贡献，功德无量者，其灵塔或迎入某一学院经堂，或请到大金瓦殿供奉，接受僧俗大众的供奉和香火。大金瓦殿中现供奉九世班禅、阿嘉、赛赤、拉科、章嘉二世、却西、米纳、济咙等活佛的灵骨塔十余座。
塔葬是一种高层次的葬礼，只用于佛教界佛位崇高的佛教大师和大活佛。如：格鲁派中的宗喀巴大师，历代达赖喇嘛（除六世达赖），历代班禅额尔德尼，各大寺中的寺主、赤钦（大法台）及对寺院立下功劳的活佛。塔葬有法体和骨灰两种葬法。格鲁派的法体塔葬始于宗喀巴大师，其法体用药物和香料处理后存放于西藏噶丹寺银制灵塔中。供奉之塔也有质次分等，有金、银、铜、木、泥、砖等不同灵塔。布达拉宫中五世和十三世达赖喇嘛的灵塔最高。五世达赖喇嘛的灵塔高达14米，外包黄金2721公斤，并镶嵌珍珠、宝石、玛瑙、玉石等无数。十世班禅大师的金制灵塔高达11.52米，国家拨款6400多万元，黄金600公斤、白银500公斤，以及其它珍贵材料。塔尔寺有银塔、铜塔、木塔三种。一般活佛的灵塔供奉于本活佛府邸的佛堂中。法体肉身用药物香料处理法，既是一种传统的又是一种先进而科学的处理方法。首先用藏红花、檀香料、盐巴等多种名贵的药水精心沐浴、擦洗法体，再用绸缎密密裹紧，吸出法体内水分。如此在4个月内按期反复更换绸缎，使法体的水分完全吸尽。之后涂上香料、药物，不损伤体肤，保证法体的长久保存。塔尔寺尚未听说有法体灵塔，大部分为骨灰、舍利灵塔。
土葬在塔尔寺用的很少，除有的喇嘛在临终前遗嘱土葬外，基本不用土葬方式。土葬后地面上不留墓堆。整成平地，上面栽树种草。水葬由于离江河太远，故极少采用。
这里佛僧的丧葬仪式也重视七七四十九的习俗，每期都要念经。活佛的殡葬仪式上要给众僧施舍布施，煮斋僧茶；在大经堂或大金瓦殿内燃千灯（东却）或百灯（加却），供养神佛。经济条件较好的一般喇嘛，也经神佛供养千灯或百灯，给僧伽放一点布施。极少数贫僧一生省吃俭用，将平时的布施、衬钱积攒起来，等自己去世时作点灯、念经、煮芒加的费用。
因用传统的火葬方式，焚尸时浓烟四散，即不雅观，又污染环境，和佛寺净土圣地不相协调，寺僧和有关人士建议改建殡仪馆，代替火葬仪式。这将会成为佛教寺院僧人殡葬礼仪中的一项重大改革和进步。
