塔尔寺活佛的渊源各具特色，有相传是宗喀巴大师的父母转生的，如阿嘉活佛和香萨活佛；有来自西藏姓氏的名号，如西纳活佛；以地名、部落名、村庄名取佛号者居多，如却藏、拉科、当彩、巴周、格嘉、本巴尔、佐格（诺尔盖）、嘉雅、扎西、却西、卓仓、鄂尔多斯等活佛；米纳、申中、西纳、祁嘉等为部族名；有用汉族姓氏命名的，如杨嘉、朱嘉活佛等；还有以“金座”和“金顶”取佛号的，如赛赤和赛朵活佛。活佛中有藏族、蒙古族、土族和少数汉族。活佛府邸的建筑除米纳、巴周、关嘉、赛朵、土观、却西等活佛的院落建在寺谷低处的山脚下和坪台上外，大多数活佛府邸建在寺东西两面的山坡上。以山势随地而建，高低错落。但有身份地位的活佛府邸多建在显要地理位置上。相传，阿嘉和香萨活佛是宗喀巴大师的父母转生的，故阿嘉活佛院建在寺东的玉池贡玛山坡上，香萨活佛院建在寺西的宁克果半山腰上，两座活佛院东西遥遥相望，每天晤面，是寓有深刻含义的。
历代塔尔寺活佛中被清朝政储册封为驻京呼图克图（指内呼图克图）的有阿嘉、赛赤、土观、拉科等活佛；被清廷或西藏地方政府及达赖、班禅赐封为“诺门汗”名号的有赛朵、却西、巴周等活佛；还有几位活佛被赐予“班智达”的名号。他们分别享有不同等级的待遇，如对内外呼图克图，按清廷对格鲁派采取的尊崇与优礼政策，被列入中央理藩院档册之中。据《理藩院则例》卷五十六载，列入该册的蒙、藏内外呼图克图共160人，其中青海占30余人。青海驻京八大呼图克图中，塔尔寺就占4人。这些活佛成为高一级喇嘛，他们享受和拥有清政府专门制定的袭其前朝旧封，制定等级，赏赐名号等优裕礼遇和特殊权力。使大喇嘛享有很高的社会地位。根据《理藩院则例》的规定：“凡呼图克图、诺门汗、班第达、堪布、绰尔济、系属职衔；国师、禅师、系属名号。”还参照世俗等级制度，制定了相应的喇嘛等级。按职位高低依次为：掌印札萨克达喇嘛、副掌印札萨克达喇嘛、札萨克喇嘛、达喇嘛、副达喇嘛、苏拉喇嘛、德木齐、格贵、格隆、班智达等。清政府确认大喇嘛的特权，视喇嘛职位、佛位高低给予相应的特权，如拥有地方政府官员一切权力，允许大喇嘛私人占有一定数量的服役人员，允许乘坐不同颜色的车轿和穿戴不同等级的服饰等；从经济上给予相应的特权和优待，如可不服徭役、不纳赋税。对于理藩院注册的大喇嘛，由政府发给一定的钱粮，作为生活费用；对于来京朝觐，朝贡的喇嘛活佛与官员一样，根据其职位高低给予廪饩。允许广建寺庙，清政府把广建寺庙也视为是崇奉和扶植格鲁派的一项重要措施。采取了“修一庙胜用十万兵”的策略。以建造寺庙，宣扬佛教，让贤人们弃恶扬善，达到对信仰佛教的民族进行思想统治的目的。上述优礼政策是清政府为蒙藏地区社会安定，巩固自己统治地位而采取的有效措施。另外清康、雍、乾三代皇帝御赐寺名、匾额成风。蒙藏地区以及河北承德、五台山等地，凡著名的藏传佛教寺庙，几乎都有清廷皇帝御赐的寺名和匾额，以示朝廷的重视和关怀。塔尔寺殿宇和活佛府邸中也有清康熙、乾隆、道光和同治等皇帝御赐的匾额及国民政府要员蒋介石、戴传贤、于右任、马福祥等所献匾额。
清政府对藏传佛教寺院在崇奉和扶植的同时，又采取了一些相应的限制措施。即所谓“革其弊，不易其俗”。一是组建中央政府理藩院，专管喇嘛事务；二是对于“妨害国政”的大喇嘛依律治罪；三是“广封大喇嘛，众建分其势”；四是限制喇嘛庙的规模，控制专院经济，规定僧侣人数，建立朝贡制度，五是颁发度牒札付；六是掌握对大喇嘛的封赠和废黜权，削弱大喇嘛的世俗权力。自青海发生罗卜藏丹津事件后，雍正帝据年羹尧所奏而制定了“青海善后事宜十三条”和“禁约青海十二事”等条约。这些措施又大大制约了一些大寺院、大活佛的特权。塔尔寺的活佛和喇嘛也受到了清政府的优礼待遇、封赐和权力的限制。但每一个活佛在自己的势力范围内仍有许多与一般喇嘛不同的地位和权力，民主宗教制度改革后，这些特权均被废除。
塔尔寺主要活佛的渊源、世系、功绩及封赐阿嘉活佛世系至今已转二十一世，前十三世属追认活佛。阿嘉·喜饶桑布（1633-1707），出生在今湟中县李家山乡柳树庄阿氏家中，故将该活佛系统称“阿家”活佛。后因汉字“阿家”的“家”字太俗，故改为“嘉”字。“阿嘉”成了这个活佛系统的称号，冠在每一世活佛法号之前。自喜饶桑布开始才正式有了阿嘉活佛的称号，共传八世。相传阿嘉活佛为宗喀巴大师之生父鲁本格转世，所以这个活佛世系的地位较高，被僧俗大众尊为塔尔寺寺主。第四世阿嘉·洛桑加央嘉措，曾去西藏色拉寺学经，学识渊博，八世达赖喇嘛授予他“额尔德尼班智达”称号。1785年进京朝觐乾隆皇帝，被封为“驻京呼图克图”、“禅师”之僧职及名号。曾任雍和宫拳印札萨克喇嘛和多伦诺尔摩印喇嘛。第五世阿嘉·益西格桑克珠嘉措与三世香萨活佛募化白银数万两重修大金瓦殿金顶。六世阿·洛桑丹贝旺秀索南嘉措曾多次进京，受皇帝优礼。同冶十二年，御赐“贤能述道禅师”匾额一方。七世阿嘉·洛桑隆多晋美丹贝坚赞，对显密宗教经论有较市制造诣。曾去蒙古、北京等地，受封为“述道显能聪慧觉众普化禅师”，充任副札萨克大喇嘛。民国时获得“阿嘉呼图克图”银印一方，上有“中华民国十六年三月二十六日怀仁堂春宴”字样。并由蒙藏委员会聘为北平喇嘛寺庙整理委员会副主任委员，任青海参议员、立法委员等职。八世阿嘉·洛桑图旦久美嘉措，于1950年农历8月21日，出生在青海海晏县哈勒景乡乌兰诺尔。1952年由十世班禅大师和他的经师嘉雅·洛桑丹白坚赞二人认定为前世的转世灵童，在塔尔寺举行坐庆典礼。
